Το επιστημονικό προσωπικό του ΚΠΕΝ παρακολουθεί συστηματικά τους πληθυσμούς πουλιών των υγροτόπων του Κόλπου Καλλονής. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην παρακολούθηση της ορνιθοπανίδας στην Αλυκή Καλλονής, του πιο σημαντικού υγρότοπου του του Κόλπου Καλλονής.
Καταγραφές πραγματοποιούνται επίσης κατά τη διάρκεια πανευρωπαϊκών και διεθνών διοργανώσεων όπως η Παγκόσμια Ημέρα Παρυδάτιων Πουλιών, Παγκόσμια Ημέρα Μεταναστευτικών Πουλιών (Μάιο και Σεπτέμβριο), Ευρασιατική Γιορτή Πουλιών (αρχές Οκτωβρίου), Μεσοχειμωνιάτικες Καταμετρήσεις Υδρόβιων Πουλιών (κάθε Ιανουάριο). Τα στοιχεία που συλλέγονται αποστέλλονται τελικά προς εισαγωγή σε διεθνείς βάσεις επιστημονικών δεδομένων που χρησιμοποιούνται ως εργαλεία στην προσπάθεια λήψης αποφάσεων και μέτρων για την προστασία των ειδών.
Τα αποτελέσματα της παρακολούθησης παρουσιάζονται συστηματικά στα Νέα του ιστολογίου του ΚΠΕΝ και στη σελίδα του στο Facebook.